Το Σύστημα Εναλλακτικής Διαχείρισης της ΕΝΔΙΑΛΕ λειτουργεί 8 Κέντρα Συλλογής ανά την Ελλάδα. Οι συλλέκτες πριν παραδώσουν τα απόβλητα σε μια από τις συμβεβλημένες με το Σ.Ε.Δ. μονάδες αξιοποίησης, προσκομίζουν τα απόβλητα στα Κέντρα Συλλογής όπου γίνεται ποιοτικός/ποσοτικός έλεγχος των συλλεχθέντων αποβλήτων και καταγραφή των δεδομένων της πορείας των αποβλήτων από το σημείο παραγωγής έως την τελική επεξεργασία τους. Επιπροσθέτως στα Κέντρα Συλλογής η ΕΝΔΙΑΛΕ παρέχει σε όλους τους συμβεβλημένους Συλλέκτες την δυνατότητα προσωρινής αποθήκευσης των αποβλήτων τους χωρίς κόστος, βελτιώνοντας με αυτό τον τρόπο την αποτελεσματικότητα του δικτύου Συλλογής και Μεταφοράς μειώνοντας παράλληλα τον περιβαλλοντικό κίνδυνο από την διακίνηση ενός επικινδύνου αποβλήτου όπως είναι τα Α.Λ.Ε.

Ο σχεδιασμός χωροθέτηση των Κέντρων Συλλογής έγινε με γνώμονα την πλήρη κάλυψη του Ελλαδικού χώρου, έτσι ώστε οι συλλεγόμενες ποσότητες ΑΛΕ να μεταφέρονται μέσω της ασφαλέστερης διαδρομής από τα Σημεία Συλλογής στα Κέντρα Συλλογής για προσωρινή αποθήκευση και από εκεί στους αξιοποιητές.